2. Kde se virus vyskytuje
Asi Tě napadne, že pokud chceme někoho testovat na virus SARS-Cov-2, nejprve je potřeba odebrat biologický materiál neboli vzorek. V této kapitole si řekneme, kde v těle lze virus najít a jaké způsoby odběru existují. Zmíníme také zásady správného odběru a v čem se získaný vzorek uchovává a transportuje.
Odkud se odebírá vzorek?
Nyní už se ví, že onemocnění obvykle začíná v horních cestách dýchacích (tj. nosní dutina, nosohltan a část hltanu) a u závažnějších případů může přejít i do dolních cest dýchacích (hrtan, průdušnice, průdušky a plíce). Z tohoto důvodu se nejčastěji přistupuje k odběru vzorku z nosohltanu, dutiny ústní a hltanu (bývá nazýván také jako stěr z krku) a z přední části nosu.
„Než se vrhneš na další odstavec, vysvětlíme si pár pojmů pro lepší pochopení textu.“
Virová nálož
Označení pro množství volného viru.
Invazivní odběr
Zatěžující, nepříjemný, nástroj proniká dovnitř organismu, může být i bolestivý.
Falešně negativní výsledek
Pacient je pozitivní, ale výsledek testu mu vlivem chyby vyjde negativní, výsledek je nepravdivý, falešný. Obdobně může také negativní pacient získat falešně pozitivní výsledek.
Ačkoliv nosohltan poskytuje větší virovou nálož, a tudíž slibuje vyšší úspěšnost odběru, má i několik nevýhod. Odběr z nosohltanu je pro pacienta relativně invazivní, a proto může být náročný či problematický. Nesprávně provedený odběr pak může vést k falešně negativnímu výsledku. Taktéž je tento druh odběru nebezpečnější pro odběratele, protože u pacienta vyvolává dávení a kašlání, čímž se zvyšuje riziko přenosu nákazy. Z těchto důvodů může být upřednostněn stěr z krku a z přední části nosu.
Další možností neinvazivního odběru vzorku je odběr slin. Odběr slin jen poměrně bezproblémový a lze získat větší objemy materiálu. Při interpretaci výsledků je ovšem na místě obezřetnost, protože citlivost testování při použití vzorků slin je nižší než už odběrů z krku nebo nosohltanu. Virová nálož obsažená ve slinách je obecně nižší než třeba v nosohltanu a dle studií je nejvyšší během prvního týdne po nástupu příznaků a poté ještě klesá.
Vzorky z dolních cest dýchacích se běžně k testování nepoužívají a odebírají se spíše za speciálních okolností. Ty mohou nastat, pokud vše nasvědčuje tomu, že je pacient infikovaný, ale test ze vzorku horních cest dýchacích vyšel negativní, anebo pokud to vyžaduje závažný stav pacienta (pacient je intubovaný anebo v bezvědomí). Jedná se o vysoce invazivní odběr, který provádí lékař v nemocničním prostředí a při němž je odebrán biologický materiál z plic nebo jejich okolí.
U pacientů, u kterých se rozvine vlhký kašel, lze odebrat a testovat sputum. Sputum, jinak nazývané jako hlen, je výměšek dýchacího ústrojí, vykašlaná hmota. Dle studií je průměrná virová nálož ve sputu významně vyšší než v jiných typech vzorků, ne každý pacient je však schopen sputum produkovat. Je potřeba dobře rozlišit sputum pocházející z opravdu hlubokého kašle a orální sekrety – sliny nebo plivance. Jelikož se sputum musí vykašlat, taktéž se jedná o odběr s vysokým rizikem přenosu nákazy.
Neobvyklé vzorky
Vědci v rámci svých studií zašli ještě dále a testovali další druhy neobvyklých vzorků. U pozitivních pacientů porovnávali, zda je možné detekovat virus SARS-Cov-2 i z těchto materiálů – výtěr z oka, stolice, moč.
U očních vzorků byla prokázána jen malá shoda výsledků – ze souboru pozitivně testovaných pacientů mělo pouze (dle konkrétní studie) 5–17 % pacientů pozitivní výsledek i z výtěrů z oka.
U vzorků stolice bylo naopak zjištěno, že zůstávají pozitivní delší dobu než vzorky z dýchacích cest. Přítomnost virové RNA ve stolici byla detekována ještě 7–10 dní poté, co už byly testy z dýchacích cest negativní.
U vzorků moči většina studií uvádí, že virová RNA nebyla detekovatelná a žádný ze vzorků moči nebyl testován jako pozitivní. Dvě studie uvádí nepříliš častou detekci virové RNA ve vzorcích moči, ale tyto výsledky musí být ještě potvrzeny.
Jak probíhá samotný odběr
Pomůcky k odběru a transportu
K odběru je nejprve třeba sterilní vatová štětička, v angličtině nazývaná jako swab (na obrázku). Většinou obsahuje rýhu, podél které lze po odběru štětičku bez problémů zalomit do zkumavky. Další nezbytnou pomůckou je zkumavka s transportním médiem. Štětička s výtěrem musí být vždy uchovávána a transportována v médiu a nikdy v prázdné zkumavce, kde by vyschla. Transportních médií existuje vícero druhů, a především u komerčních výrobků je těžké vyhledat jejich přesné složení. Mohou obsahovat antibakteriální látky sloužící k zamezení bakteriálních kontaminací nebo látky, které inaktivují virové částice. Alternativou může být také fosfátový pufr (PBS) nebo fyziologický roztok.
Ukázka odběru z nosohltanu
V tomto videu můžeš vidět, jak takový odběr vzorku z nosohltanu probíhá. Povšimni si, jaké odběratelka používá ochranné pomůcky, aby co nejvíce eliminovala riziko nákazy – jednorázové rukavice, plášť, roušku, nebo respirátor, brýle, či štít. Rukavice je třeba po každém odběru vyhodit a při dalším odběru použít nové. Dále si můžeš ve videu prohlédnout, jak vypadá zmiňovaná odběrová štětička a zkumavka s transportním médiem. Ihned po odběru je zkumavka řádně označena, např. jménem nebo číslem pacienta a putuje do laboratoře, kde probíhá samotná analýza.
Jak se (ne)chovat před odběrem
Aby byl test co nejspolehlivější, je dobré dodržovat několik zásad. Alespoň hodinu před odběrem by pacient neměl nic jíst, pít, kouřit, žvýkat žvýkačku, čistit si zuby nebo vyplachovat ústa obyčejnou či ústní vodou. Nejspíš je Ti už jasné proč – mohla by se tím snížit, či dokonce dočasně odstranit virová nálož v ústech či krku a pacient by si koledoval o falešně negativní test.
A co dál?
Teď už víš, odkud vzorek na testování bereme a jak celý proces probíhá. Ve chvíli, kdy je vzorek správně odebraný, uložený v transportním médiu a řádně označený, putuje do laboratoře k vlastní analýze. O tom, co se s ním děje dále v laboratoři, se dočteš v dalších kapitolách.
Zjisti více: Jak to bylo s virovými částicemi na površích veřejně dostupných míst v době vrcholu pandemie?
Tím se zaobíral brněnský vědec a molekulární biolog, prof. Omar Šerý. Se svými kolegy publikoval studii, ve které otestovali celkem 104 vzorků nasbíraných na třech veřejných místech – na poště, v nákupním centru a v nemocnici na covidovém oddělení.
Více informací
Na poště a v nákupním centru bylo nasbíráno celkem 71 vzorků a jednalo se o stěry z klik u dveří a toalet, dotykových obrazovek, nákupních košíků, knoflíků ve výtahu nebo na platebních automatech nebo přímo z rukou zaměstnanců. Kromě stěrů byly také sbírány vzorky vzduchu. Všechny tyto vzorky byly testovány jako negativní na přítomnost virových částic SARS-CoV-2. Je třeba podotknout, že v té době byla s ohledem na vrchol pandemie ustanovena a dodržována přísná epidemiologická opatření – především nošení respirátorů, pravidelná dezinfekce povrchů na veřejných místech a omezení počtu osob v komerčních prostorách dle prodejní plochy. Z toho autoři studie vyvozují, že tato opatření jsou i při vysoké incidenci covidu-19 účinná a ve veřejných prostorech hrozí při jejich dodržování jen malé riziko přenosu viru z povrchů či vzduchu.
V nemocnici na covidovém oddělení bylo sesbíráno celkem 33 různorodých vzorků – jednalo se např. o stěry z úst a rukou pacientů, podlahy, kliky u dveří či oken, umyvadla, nástrojů zdravotnického personálu a dalších. Z toho 11 vzorků bylo pozitivních na virus SARS-Cov-2 a jednalo se především o vzorky setřené z podlahy a dalších míst, která přicházela do fyzického kontaktu s dlaněmi pacientů. Množství viru v pozitivních vzorcích bylo ale přesto spíše nízké – v jednotkách nebo desítkách virových genomů.